Wednesday, July 10, 2013

Daum Potplayer–Aplikasi Video Player gratis terbaik

Jika anda suka memainkan video dengan berbagai format video (.mp4, mkv, dsb), maka salah satu player yang bisa menghasilkan gambar terbaik, warna yang dalam dan termulus adalah Daum Potplayer. Berdasarkan pengalaman saya, Daum Potplayer memainkan lebih banyak materi video (terutama dengan format MKV yang bersumber dari Blue Ray atau WEB-DL).

Daum Potplayer bisa didownload di sini : http://download.cnet.com/Daum-Potplayer/3000-13632_4-75587055.html (atau bisa saja dari “ daum potplayer “ dari mesin pencari anda).

Daum Potplayer bebas dari malware atau adware, installer dari CNET memasukkan banyak ranjau malware dan adware yang tersembunyi yang sebenarnya bisa kita hindari, asal kita perlahan-lahan membaca EULA (End User License Agreement). Seperti di bawah ini, adalah beberapa contoh ranjau :

Download.com mencoba menginstall WEBCAKE, hindari (DECLINE) program ini, karena ini adalah add-on yang mengandung iklan.

image

Setelah program pertama kita decline, download.com kembali menawarkan SELECTION LINKS yang juga mengandung iklan, hindari lagi (decline).

image

Kemudian download.com kembali menawarkan DEFAULTTAB SEARCH BAR yang akan mengubah mesin pencari kita. Kita juga bisa hindari ini.

image

Nah setelah semua ranjau dihindari, barulah download.com mendownload Daum Potplayer yang sebenarnya.

image

Setelah download selesai maka langkah selanjutnya adalah menginstall Daum Potplayer.

 

image

 

Selamat mencoba !

Wednesday, July 3, 2013

Klasifikasi Jenis Belanja Pemerintah

sumber : http://www.sjdih.depkeu.go.id/fullText/2011/101~PMK.02~2011PerLamp%20III.htm 

Belanja Pegawai

Kompensasi dalam bentuk uang maupun barang yang diberikan kepada pegawai negeri, pejabat negara, dan pensiunan serta pegawai honorer yang akan diangkat sebagai pegawai lingkup pemerintahan baik yang bertugas di dalam maupun di luar negeri sebagai imbalan atas pekerjaan yang telah dilaksanakan dalam rangka mendukung tugas dan fungsi unit organisasi pemerintah.

Belanja Pegawai dipergunakan untuk:

  1. Belanja Gaji dan Tunjangan yang melekat pada pembayaran Gaji Pegawai Negeri meliputi PNS dan TNI/POLRI;
  2. Belanja Gaji Dokter Pegawai Tidak Tetap;
  3. Belanja Gaji dan Tunjangan yang melekat pada Pembayaran Gaji Pejabat Negara;
  4. Belanja Uang Makan PNS;
  5. Belanja Uang Lauk Pauk TNI/POLRI;
  6. Belanja Uang Tunggu dan Pensiun Pegawai Negeri dan Pejabat Negara yang disalurkan melalui PT. Taspen dan PT. ASABRI;
  7. Belanja Asuransi Kesehatan Pegawai Negeri yang disalurkan melalui PT. ASKES;
  8. Belanja Uang Lembur PNS;
  9. Belanja Pegawai Honorer yang diangkat dalam rangka mendukung tugas pokok dan fungsi unit organisasi pemerintah;
  10. Pembayaran Tunjangan Sosial bagi Pegawai Negeri melalui unit organisasi/Lembaga/Badan tertentu;
  11. Pembayaran uang vakasi;
  12. Pembayaran tunjangan khusus merupakan pembayaran kompensasi kepada Pegawai Negeri yang besarannya ditetapkan oleh Presiden/Menteri Keuangan;
  13. Belanja pegawai transito merupakan alokasi anggaran belanja pegawai yang direncanakan akan ditarik/dicairkan namun database pegawai pada Kementerian Negara/Lembaga berkenaan menurut peraturan perundang-undangan belum dapat direkam pada Aplikasi Belanja Pegawai Satuan Kerja (Satker) karena belum ditetapkan sebagai Pegawai Negeri pada Satker berkenaan; dan
  14. Pembayaran untuk Uang Duka Wafat/Tewas yang besarannya ditetapkan berdasarkan peraturan perundangan-undangan yang berlaku.

Dikecualikan untuk pekerjaan yang berkaitan dengan pembentukan modal dan/atau kegiatan yang mempunyai output dalam kategori belanja barang.

Belanja Barang

Pengeluaran untuk pembelian barang dan/atau jasa yang habis pakai untuk memproduksi barang dan/atau jasa yang dipasarkan maupun yang tidak dipasarkan serta pengadaan barang yang dimaksudkan untuk diserahkan atau dijual kepada masyarakat di luar kriteria belanja bantuan sosial serta belanja perjalanan.

Belanja Barang dipergunakan untuk:

  1. Belanja Barang Operasional merupakan pembelian barang dan/atau jasa yang habis pakai yang dipergunakan dalam rangka pemenuhan kebutuhan dasar suatu satuan kerja dan umumnya pelayanan yang bersifat internal.Jenis pengeluaran terdiri dari antara lain:
    1. Belanja keperluan perkantoran;
    2. Belanja pengadaan bahan makanan;
    3. Belanja penambah daya tahan tubuh;
    4. Belanja bahan;
    5. Belanja pengiriman surat dinas;
    6. Honor yang terkait dengan operasional Satker;
    7. Belanja langganan daya dan jasa (ditafsirkan sebagai Listrik, Telepon, dan Air) termasuk atas rumah dinas yang tidak berpenghuni;
    8. Belanja biaya pemeliharaan gedung dan bangunan (ditafsirkan sebagai gedung operasional sehari-hari berikut halaman gedung operasional);
    9. Belanja biaya pemeliharaan peralatan dan mesin (ditafsirkan sebagai pemeliharaan aset yang terkait dengan pelaksanaan operasional Satker sehari-hari) tidak termasuk biaya pemeliharaan yang dikapitalisasi;
    10. Belanja sewa gedung operasional sehari-hari satuan kerja; dan
    11. Belanja barang operasional lainnya yang diperlukan dalam rangka pemenuhan kebutuhan dasar lainnya.
  2. Belanja Barang Non Operasional merupakan pembelian barang dan/atau jasa yang habis pakai dikaitkan dengan strategi pencapaian target kinerja suatu satuan kerja dan umumnya pelayanan yang bersifat eksternal.
    Jenis pengeluaran terdiri antara lain:
    1. Honor yang terkait dengan output kegiatan;
    2. Belanja operasional terkait dengan penyelenggaraan administrasi kegiatan di luar kantor, antara lain biaya paket rapat/pertemuan, ATK, uang saku, uang transportasi lokal, biaya sewa peralatan yang mendukung penyelenggaraan kegiatan berkenaan;
    3. Belanja jasa konsultan;
    4. Belanja sewa yang dikaitkan dengan strategi pencapaian target kinerja;
    5. Belanja jasa profesi;
    6. Belanja biaya pemeliharaan non kapitalisasi yang dikaitkan dengan target kinerja;
    7. Belanja jasa;
    8. Belanja perjalanan;
    9. Belanja barang penunjang kegiatan dekonsentrasi;
    10. Belanja barang penunjang kegiatan tugas pembantuan;
    11. Belanja barang fisik lain tugas pembantuan; dan
    12. Belanja barang non operasional lainnya terkait dengan penetapan target kinerja tahun yang direncanakan.
  3. Belanja barang Badan Layanan Umum (BLU) merupakan pengeluaran anggaran belanja operasional BLU termasuk pembayaran gaji dan tunjangan pegawai BLU.
  4. Belanja barang untuk masyarakat atau entitas lain merupakan pengeluaran anggaran belanja negara untuk pengadaan barang yang dimaksudkan untuk diserahkan kepada masyarakat atau entitas lain yang tujuan kegiatannya tidak termasuk dalam kriteria kegiatan bantuan sosial .

Belanja Modal

Pengeluaran untuk pembayaran perolehan asset dan/atau menambah nilai asset tetap/asset lainnya yang memberi manfaat lebih dari satu periode akuntansi dan melebihi batas minimal kapitalisasi asset tetap/asset lainnya yang ditetapkan pemerintah.

Dalam pembukuan nilai perolehan aset dihitung semua pendanaan yang dibutuhkan hingga asset tersebut tersedia dan siap untuk digunakan. Termasuk biaya operasional panitia pengadaan barang/jasa yang terkait dengan pengadaan asset berkenaan.

Kriteria kapitalisasi dalam pengadaan/pemeliharaan barang/asset merupakan suatu tahap validasi untuk penetapan belanja modal atau bukan dan merupakan syarat wajib dalam penetapan kapitalisasi atas pengadaan barang/asset:

  1. Pengeluaran anggaran belanja tersebut mengakibatkan bertambahnya asset dan/atau bertambahnya masa manfaat/umur ekonomis asset berkenaan
  2. Pengeluaran anggaran belanja tersebut mengakibatkan bertambahnya kapasitas, peningkatan standar kinerja, atau volume asset.
  3. Memenuhi nilai minimum kapitalisasi dengan rincian sebagai berikut:
    1. Untuk pengadaan peralatan dan mesin, batas minimal harga pasar per unit barang adalah sebesar Rp300.000,-
    2. Untuk pembangunan dan/atau pemeliharaan gedung dan bangunan per paket pekerjaan adalah sebesar Rp10.000.000,-
  4. Pengadaan barang tersebut tidak dimaksudkan untuk diserahkan/dipasarkan kepada masyarakat atau entitas lain di luar pemerintah.

Belanja modal dipergunakan untuk antara lain:

  1. Belanja modal tanah
    Seluruh pengeluaran untuk pengadaan/pembelian/pembebasan/ penyelesaian, balik nama, pengosongan, penimbunan, perataan, pematangan tanah, pembuatan sertifikat tanah serta pengeluaran-pengeluaran lain yang bersifat administratif sehubungan dengan perolehan hak dan kewajiban atas tanah pada saat pembebasan/pembayaran ganti rugi sampai tanah tersebut siap digunakan/dipakai.
  2. Belanja modal peralatan dan mesin
    Pengeluaran untuk pengadaan peralatan dan mesin yang digunakan dalam pelaksanaan kegiatan antara lain biaya pembelian, biaya pengangkutan, biaya instalasi, serta biaya langsung lainnya untuk memperoleh dan mempersiapkan sampai peralatan dan mesin tersebut siap digunakan.
  3. Belanja modal gedung dan bangunan
    Pengeluaran untuk memperoleh gedung dan bangunan secara kontraktual sampai dengan gedung dan bangunan siap digunakan meliputi biaya pembelian atau biaya konstruksi, termasuk biaya pengurusan IMB, notaris, dan pajak (kontraktual).
    Dalam belanja ini termasuk biaya untuk perencanaan dan pengawasan yang terkait dengan perolehan gedung dan bangunan.
  4. Belanja modal jalan, irigasi, dan jaringan
    Pengeluaran untuk memperoleh jalan dan jembatan, irigasi dan jaringan sampai siap pakai meliputi biaya perolehan atau biaya kontruksi dan biaya-biaya lain yang dikeluarkan sampai jalan dan jembatan, irigasi dan jaringan tersebut siap pakai. Dalam belanja ini termasuk biaya untuk penambahan dan penggantian yang meningkatkan masa manfaat, menambah nilai aset, dan di atas batas minimal nilai kapitalisasi jalan dan jembatan, irigasi dan jaringan.
  5. Belanja modal lainnya
    Pengeluaran yang diperlukan dalam kegiatan pembentukan modal untuk pengadaan/pembangunan belanja modal lainnya yang tidak dapat diklasifikasikan dalam perkiraan kriteria belanja modal Tanah, Peralatan dan Mesin, Gedung dan Bangunan, Jaringan (Jalan, Irigasi dan lain-lain). Termasuk dalam belanja modal ini: kontrak sewa beli (leasehold), pengadaan/pembelian barang-barang kesenian (art pieces), barang-barang purbakala dan barang-barang untuk museum, serta hewan ternak, buku-buku dan jurnal ilmiah sepanjang tidak dimaksudkan untuk dijual dan diserahkan kepada masyarakat.
    Termasuk dalam belanja modal ini adalah belanja modal non fisik yang besaran jumlah kuantitasnya dapat teridentifikasi dan terukur.
  6. Belanja modal Badan Layanan Umum (BLU)
    Pengeluaran untuk pengadaan/perolehan/pembelian aset yang dipergunakan dalam rangka penyelenggaraan operasional BLU.

Belanja Bantuan Sosial

Transfer uang atau barang yang diberikan oleh Pemerintah Pusat/Daerah kepada masyarakat guna melindungi dari kemungkinan terjadinya resiko sosial. Bantuan sosial dapat langsung diberikan kepada anggota masyarakat dan/atau lembaga kemasyarakatan termasuk didalamnya bantuan untuk lembaga non pemerintah bidang pendidikan, keagamaan, dan bidang lain yang berperan untuk melindungi individu, kelompok dan/atau masyarakat dari kemungkinan terjadinya risiko sosial.
Risiko sosial adalah kejadian atau peristiwa yang dapat menimbulkan potensi terjadinya kerentanan sosial yang ditanggung oleh individu, keluarga, kelompok, dan atau masyarakat sebagai dampak krisis sosial, krisis ekonomi, krisis politik, fenomena alam, dan bencana alam yang jika tidak diberikan belanja bansos akan semakin terpuruk dan tidak dapat hidup dalam kondisi wajar.
Kriteria belanja bantuan sosial adalah:

  1. Tujuan penggunaan
    Penggunaan belanja bantuan sosial ditujukan antara lain:
    1. Belanja Rehabilitasi Sosial
      Pengeluaran anggaran yang dimaksudkan untuk memulihkan dan mengembangkan kemampuan seseorang yang mengalami disfungsi sosial agar dapat melaksanakan fungsi sosialnya secara wajar.
    2. Belanja Pemberdayaan Sosial
      Pengeluaran anggaran yang dimaksudkan untuk mencegah dan menangani resiko dari guncangan dan kerentanan sosial seseorang, keluarga, kelompok, dan/atau masyarakat agar kelangsungan hidupnya dapat dipenuhi sesuai dengan kebutuhan dasar minimal.
    3. Belanja Perlindungan Sosial
      Pengeluaran anggaran dalam rangka pembiayaan semua upaya yang diarahkan untuk menjadikan warga negara yang mengalami masalah sosial mempunyai daya, sehingga mampu memenuhi kebutuhan dasarnya.
    4. Belanja Penanggulangan Bencana
      Pengeluaran anggaran dalam rangka pembiayaan serangkaian upaya yang meliputi penetapan kebijakan pembangunan yang beresiko timbulnya bencana, kegiatan pencegahan bencana, tanggap darurat dan rehabilitasi.
    5. Belanja Jaminan Sosial
      Pengeluaran anggaran dalam rangka pembiayaan kegiatan yang masuk katagori di dalam skema yang melembaga untuk menjamin seluruh rakyat agar dapat memenuhi kebutuhan dasar hidupnya yang layak.
    6. Belanja Penanggulangan Kemiskinan
      Pengeluaran anggaran yang terkait langsung dalam kebijakan, program, dan kegiatan yang dilakukan terhadap orang, keluarga, kelompok, dan/atau masyarakat yang tidak mempunyai atau mempunyai sumber mata pencaharian namun tidak dapat memenuhi kebutuhan yang layak bagi kemanusiaan.
  2. Pemberi bantuan
    Penggunaan belanja bantuan sosial hanya jika pemberi bantuan adalah Pemerintah Pusat dan/atau Pemerintah Daerah.
  3. Persyaratan penerima bantuan
    Penerima belanja bantuan sosial adalah seseorang, keluarga, kelompok, dan/atau masyarakat yang mengalami keadaan yang tidak stabil sebagai akibat dari situasi krisis sosial, ekonomi, politik, bencana, dan fenomena alam agar dapat memenuhi kebutuhan hidup minimum, termasuk di dalamnya bantuan untuk lembaga non pemerintah bidang pendidikan, keagamaan dan bidang lain yang berperan untuk melindungi individu, kelompok dan/atau masyarakat dari kemungkinan terjadinya risiko sosial.
  4. Masa berlaku pemberian bantuan
    Belanja bantuan sosial hanya dapat dilakukan apabila kriteria penerima bantuan sosial masih melekat pada penerima bantuan sosial berkenaan.

Tuesday, June 18, 2013

Bioinformatika dipandang dari berbagai sisi

Dalam beberapa dekade terakhir, kita telah menyaksikan evolusi ilmu biologi, mulai dari esperimen murni sampai akhirnya masuk ke dunia super komputer. Di mana super komputer digunakan untuk memecahkan banyak misteri dan memprediksi masa depan umat manusia. Teknologi saat ini telah memungkinkan kita menjawab beberapa pertanyaan seperti :

  • Merevolusi pertanian menggunakan rekayasa genetik untuk menghasilkan tanaman yang kebal hama, cepat tumbuh, lebih produktif, bahkan mengandung lebih banyak nutrisi
  • Memahami dan mencari cara menyembuhkan penyakit-penyakit kelainan genetik seperti sakit jantung, kanker, kegemukan, diabetes, sakit jiwa, dsb
  • Membuat kloning dari suatu mahluk hidup yang pernah ada (misalnya ada upaya melakukan kloning mamoth berdasarkan informasi genomnya)
  • Bereksperimen dengan struktur molekul dan melihat akibatnya pada suatu mahluk hidup
  • Memperbaiki kualitas mahluk hidup melalui modifikasi genom
  • Memprediksi sifat-sifat mahluk hidup berdasarkan informasi genom
  • Memahami bagaimana tanaman merespon terhadap cahaya, memproduksi protein, dan tumbuh
  • Melakukan perbandingan genom dari beberapa organisme yang berbeda-beda
  • Mengetahui apa fungsi, manfaat , dan resiko dari suatu produk genetik
  • Mempercepat pencarian energi alternatif (misalnya penelitian tentang bahan bakar hidrogen yang dihasilkan dari bakteri tertentu)
  • Mensimulasi proses penyusunan atom menjadi suatu sel organik
  • Menghitung kemungkinan pola genom manusia
  • Memahami hubungan antara gen dengan organisme yang utuh
  • Mensimulasi jaringan metabolisme dari suatu organisme yang utuh
  • Mensimulasi sebuah sel atau organisme dari perspektif biologi sistem (suatu pendekatan baru interdisiplin yang holistik)

Terlepas dari masalah etika, maka semua pertanyaan di atas bisa dijawab melalui bidang penelitian sains Bioinformatika.

Evolusi Sains

Sains merupakan hal yang tidak terpisahkan dari sejarah umat manusia, dan sains telah mempengaruhi hidup kita semenjak ribuan tahun yang lalu. Di bawah ini adalah ringkasan evolusi sains selama ini :

  • Ribuan tahun lalu – sains adalah empiris (berdasarkan pengalaman)
  • Ratusan tahun lalu – sains mulai menggunakan berbagai macam model dan generalisasi
  • Puluhan tahun lalu – muncul cabang sains komputasional untuk menjelaskan fenomena yang kompleks
  • Sekarang – sains telah menjadi e-Sains – menggabungkan berbagai teori, percobaan, dan simulasi, memanfaatkan kekuatan komputer yang luar biasa untuk :
    • mengumpulkan data dari berbagai sensor (CCD sampai penabrak partikel)
    • memproses data mentah menjadi informasi menggunakan teknologi piranti lunak yang semakin maju
    • informasi/pengetahuan disimpan ke dalam suatu supercomputer
    • peneliti menganalisa database /file menggunakan metode statistik dan manajemen data

e-Sains ini kemudian melahirkan dua cabang penelitian sains : X-Komputasi dan X-Infomatika untuk setiap disiplin X. Misalnya di Biologi, ada Biologi-Komputasi, dan Bio-Informatika

  • Biologi-Komputasi mensimulasikan bagaimana suatu sistem biologi bekerja dan atau bagaimana protein, atau sifat-sifat sebuah sel, atau jalur metabolisme dibuat melalui suatu algoritma komputer dan matematika
  • Bio-Informatika adalah pengembangan atau perbaikan metode penyimpanan, pengambilan, penyusunan, dan analisa data biologi

Pengertian Bioinformatika

Secara umum ada dua pengertian bioinformatika :

  1. Bioinformatika klasik – menitikberatkan pada analisis sekuen
  2. Bioinformatika baru (pasca genom) – era ini dimulai ketika pekerjaan raksasa pemetaan genom manusia sudah selesai. Di sini kita sudah bisa melakukan perbandingan genom dari berbagai spesies yang berbeda, mengukur jumlah relatif dari kopi/cetakan dari sebuah pesan genetik, menemukan fungsi dan keterkaitan dari gen, dan melihat kerja fungsi genom.

Beberapa Contoh Jenis Data Biologi di dalam Bioinformatika

Di bawah ini ada beberapa contoh pemrosesan data biologi di dalam bioinformatika :

  • Manajemen data, termasuk pemeliharaan database dan pemrosesan data, merupakan tugas paling dasar dan yang paling utama. Sejumlah besar data yang bisa digunakan bersama dibuat oleh berbagai lembaga penelitian yang dibiayai publik, dan diletakkan di dalam bank data publik. Anotasi data mentah, yang artinya menambahkan berbagai deskripsi dan fungsi, merupakan bagian yang sangat penting dari pekerjaan ini, dan sebagian besar didanai oleh lembaga penelitian pemerintah.
  • Struktur dan sekuens protein dan gen. Sekuens digunakan untuk merepresentasikan molekul makro. Struktur gen yang mengkodifikasi sekuens asam amino di dalam protein dibuat menggunakan proyek sekuensial genom. Data genomik akan diterjemahkan menggunakan komputer menjadi sekuens protein
  • Struktur Molekular 3D. Pemodelan komputer bisa menggambarkan struktur ini menggunakan pengukuran fisik menggunakan sinar X atau resonansi magnetik nuklir
  • Fungsi dan Struktur Genom. Genom dari suatu organisme (mahluk hidup) terdiri dari materi genetik keseluruhan. Informasi fungsi dan struktur genom adalah informasi detail dasar yang selalu diperbaharui dengan berbagai informasi baru termasuk tautan ke berbagai database yang lain
  • Data Bibliografik, seperti abstrak dari suatu artikel sains. Jumlah data yang meningkat secara eksponensial, terutama yang berhubungan dengan proyek genom, seperti proyek sekuensial genom manusia. Data yang saat ini bisa diakses publik melalui internet merupakan susunan data dalam bentuk kecil

Teknologi di dalam Bioinformatika

Bioinformatika menggabungkan berbagai bidang ilmu komputer, matematika, dan engineering untuk memproses data biologi. Supercomputer digunakan untuk membaca dan memproses data biologi supaya hasilnya semakin cepat didapatkan. Berbagai sistem informasi dan database digunakan untuk menyimpan dan menyusun data biologi. Dalam menganalisa data biologi, juga diperlukan berbagai algoritma Artificial Intelligence, Machine Learning, Soft Computing, Data Mining, Image Processing, dan Simulation.

Teknologi dan Inovasi Microsoft di bidang Bioinformatika

Microsoft Bioinformatics Initiative

Program “Microsoft Bioinformatics Initiative” yang terdiri dari dua komponen utama :

  • .NET BIO : .NET Bio merupakan suatu tool yang bisa ditambahkan ke framework pemrograman netral bahasa .NET yang awalnya ditujukan untuk mendukung penelitian di bidang genomik. Sekarang ini .NET Bio mendukung berbagai formal file bioinformatika; berbagai algoritma untuk manipulasi sekuens protein, RNA, dan DNA; dan pasangan konektor untuk terhubung ke layanan web biologi seperti NCBI BLAST. .NET Bio menggunakan lisensi sumber terbuka, dan semua dokumentasi, aplikasi demo, kode sumber, dan executable file bisa didownload dari situs Codeplex
  • Microsoft Biology Tools (MBT) : The Microsoft Biology Tools (MBT) merupakan kumpulan tool yang bisa digunakan para peneliti bioinformatika dan biologi supaya lebih produktif dalam menemukan berbagai penemuan sains. Tool di dalam katalog MBT bebas digunakan, dan juga termasuk didalamnya kode sumber terbuka dan berbagai proyek kolaborasi sumber terbuka. Contoh tool-tool di dalam katalog MBT bisa dilihat di sini : http://research.microsoft.com/en-us/projects/bio/mbt.aspx
BioHPC

BioHPC merupakan implementasi HPC untuk para peneliti biologi. HPC adalah High Performance Computing, yang memanfaatkan sebanyak mungkin sumber daya komputer yang ada untuk menyelesaikan satu tugas berat dengan lebih singkat. HPC merevolusi ilmu biologi dengan cara memberi para ahli biologi kemampuan proses dan analisa data yang sangat besar yang tidak terbayangkan beberapa dekade lalu. Namun sayangnya kebanyakan ahli biologi tidak memiliki keahlian komputer ataupun sarana komputer yang memadai. Microsoft bekerjasama dengan Unit Layanan Biologi Komputasi Universitas Cornell untuk menyediakan kekuatan HPC bagi ribuan peneliti di seluruh dunia.

BioHPC khusus ditujukan pada peneliti bioinformatika, sehingga bersifat sangat powerful tetapi mudah sekali digunakan dan tidak perlu ahli komputer dengan keahlian khusus untuk mengoperasikannya.

imageGambar di atas adalah contoh gambar komposit dari sebuah akar tanaman dengan akumulasi protein FHY3 (warna hijau) di dalam nukleus sel. Gambar latar belakang menunjukkan model 3D dari protein FHY3 (warna hijau) menempel pada DNA (warna abu-abu). Gambar ini menunjukkan bagaimana respon tanaman terhadap cahaya.

BioHPC bisa diakses melalui Universitas Cornell bagi user yang terdaftar. Namun BioHPC juga bisa diunduh secara gratis dan memiliki kode sumber terbuka bagi setiap peneliti di seluruh dunia.

Semenjak dipasang pada tahun 2003, BioHPC telah melakukan lebih dari 80.000 proses komputasi yang berat yang dikirim oleh lebih dari 7.200 peneliti dari 80 negara di dunia.

Windows Azure Bioinformatics

Windows Azure merupakan satu layanan komputasi awan Microsoft yang bisa digunakan untuk menyelesaikan berbagai tugas bioinformatika dengan cepat.

Dengan adanya ledakan data genom beberapa tahun terakhir, maka kita memerlukan kekuatan komputasi yang luar biasa untuk memproses semua data yang ada. Windows Azure dikombinasikan dengan Microsoft Excel untuk analisa, memberikan para peneliti kemampuan yang luar biasa untuk mendapatkan berbagai wawasan baru dan kemampuan eksplorasi di area-area yang sebelumnya tidak terjamah.

Salah satu aplikasi killer untuk Windows Azure di bidang bioinformatika ini adalah NCBI BLAST untuk Windows Azure.

BLAST on Windows Azure enables cloud-based analysis of vast proteomics and genomic data.

NCBI Blast merupakan implementasi Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dari National Center for Biotechnology Information (NCBI). BLAST merupakan sekumpulan program yang dirancang untuk mencari semua kemiripan antara sebuah protein atau DNA dan sekuensnya yang sudah diketahui dari seluruh database kemungkinan yang ada. Peneliti memerlukan kemampuan ini untuk mengetahui fungsi dan manfaat dari sebuah produk genetik.

Windows Azure memungkinkan komputasi yang sangat rumit dilakukan dengan sangat cepat dan dengan biaya yang murah. Misalnya dengan Windows Azure mampu menyingkat pengoperasian BLAST dari enam tahun menjadi satu minggu saja. Microsoft XCG (Extreme Computing Group) merupakan satu tim di Microsoft yang berhasil melakukan hal ini dengan cara membagi beban BLAST ke beberapa data center Microsoft yang tersebar di Amerika dan Eropa.

Rhodopseudomonas palustris

Gambar di atas menunjukkan gambar bakteri Rhodopseudomonas palustris yang digunakan untuk memproduksi hidrogen sebagai bahan bakar.

Masalah Etika

Proyek pemetaan genetik manusia (Human Genome Project) sudah selesai, dimana seluruh informasi genetik manusia sudah berhasil dipetakan. Dan dengan kemajuan teknologi informasi yang luar biasa, maka sekarang terbuka kemungkinan bagi para peneliti untuk memanipulasi informasi genetik manusia dengan mudah dan cepat.

Hal ini menimbulkan berbagai masalah etika bioinformatika seperti :

  • Privasi – memastikan bahwa data genetik tidak bocor ke tangan pihak yang tidak berhak
  • Diskriminasi – membeda-bedakan orang berdasarkan informasi genetiknya
  • Profile Genetik – menentukan apakah suatu masyarakat bersifat rasial atau seksis dari informasi genetiknya
  • Pengembangan Obat yang khusus dibuat untuk orang tertentu – bisa menyebabkan masyarakat terpecah belah berdasarkan keadaan sosio-ekonomiknya
  • Aborsi – bioinformatika bisa memberikan informasi apakah kualitas janin nantinya bisa menjelma menjadi bayi yang sehat, berumur panjang, dsb., atau sebaliknya, sehingga orang tua bisa memutuskan apakah janin layak untuk dilahirkan atau sebaiknya digugurkan
  • Seleksi berdasarkan genetik – Informasi genetik bisa didapatkan dengan mudah. Bolehkan suatu perusahaan memilih karyawannya menggunakan seleksi genetik ?
  • Mendapatkan keturunan yang lebih baik melalui manipulasi genetik pada janin

Hukum dan Undang-Undang Bioinformatika

Bioinformatika bisa menggunakan informasi genetik dan kesehatan yang bisa menunjuk ke seseorang. Oleh karenanya banyak regulasi pemerintah yang baru dikeluarkan untuk membatasi penggunaan dan pembocoran beberapa jenis data. Meski pada saat yang sama berbagai kemudahan juga didorong untuk pengumpulan informasi kesehatan dan genetik secara elektronik.

Negara Indonesia belum sampai pada tahap ini, tapi sekedar contoh, di bawah ini ada beberapa regulasi pemerintah di Amerika sehubungan dengan bioinformatika :

  • Beberapa negara bagian melarang diskriminasi penggunaan informasi genetik di dalam asuransi kesehatan dan di perusahaan
  • Georgia dan Oregon bahkan memiliki undang-undang yang menyatakan bahwa informasi DNA adalah unik dan milik pribadi
  • HIPAA (Health Insurance Portability and Accountability Act) merupakan undang-undang yang mewajibkan sistem perekaman informasi kesehatan elektronik yang standar untuk kesehatan, rumah sakit, dan pegawai. HIPAA juga mengatur penggunaan dan perlindungan privasi informasi kesehatan. Namun ternyata penerapannya cukup sulit, karena sistem komputer yang ada harus ditingkatkan
  • Standar Privasi Kesehatan memastikan bahwa hanya pasien yang bisa mengakses data penyakitnya, dan penggunaan diluar itu membutuhkan ijin pasien

Bioinformatika di Indonesia

Saat ini mata ajaran bioinformatika maupun mata ajaran dengan muatan bioinformatika sudah diajarkan di beberapa perguruan tinggi di Indonesia, seperti di ITB, Atmajaya, UI, UGM, IPB. Beberapa lembaga penelitian seperti LIPI dan Lembaga Biologi Molekul Eijkman juga melakukan melakukan penelitian bioinformatika di bidang rekayasa protein.

Saturday, May 25, 2013

Windows Server 2012 – Disable Sleep

Disable sleep/standby/hybernate menggunakan powershell :

  • Run powershell menggunakan administrator privilege
  • Jalankan perintah ini :
powercfg.exe -change -monitor-timeout-ac 0

powercfg.exe -change -monitor-timeout-dc 0

powercfg.exe -change -disk-timeout-ac 0

powercfg.exe -change -disk-timeout-dc 0

powercfg.exe -change -standby-timeout-ac 0

powercfg.exe -change -standby-timeout-dc 0

powercfg.exe -change -hibernate-timeout-ac 0

powercfg.exe -change -hibernate-timeout-dc 0
 

image


( diambil dari : http://social.technet.microsoft.com/Forums/en-US/winserver8setup/thread/aff00b7a-576b-418f-b4b0-5d83bdc89efd )

Monday, May 20, 2013

Mencari file PDF di Windows 8 64 bit setelah install Adobe Reader XI (updated)

Windows 8 64 bit mampu mencari judul atau isi dokumen berjenis PDF secara default. Namun jika kita memasang Adobe Reader XI, maka kemampuan ini hilang karena adanya bug di Adobe Reader XI. Di bawah ini cara kita membetulkan masalah ini :

CARA PERTAMA

  1. gunakan “regedit” dengan administrative privilege
  2. Cari “HKEY_CLASSES_ROOT\.pdf\PersistentHandler”
    1. Jika key tidak ada, maka kita harus membuatnya
  3. Pastikan bahwa nilainya adalah {1AA9BF05-9A97-48c1-BA28-D9DCE795E93C }
    1. Kemungkinan besar Adobe Reader XI telah menimpanya menjadi { F6594A6D-D57F-4EFD-B2C3-DCD9779E382E } , jika hal ini terjadi maka nilainya harus diganti menjadi {1AA9BF05-9A97-48c1-BA28-D9DCE795E93C }
  4. Panggil task manager dengan menekan control-alt-del atau klik kanan di taskbar dan pilih Task Manager
    1. Cari Services, dan WSearch
    2. Klik kanan, pilih Restart

CARA KEDUA

Download dan install Adobe PDF iFilter versi terakhir (versi 11 pada saat tulisan ini dibuat) yang bisa didownload disini : http://www.adobe.com/support/downloads/detail.jsp?ftpID=5542

Setelah langkah-langkah ini komputer kita akan melakukan indexing seluruh konten PDF, dan setelah selesai kita akan bisa mencari seluruh konten atau judul dokumen PDF.

Wednesday, April 3, 2013

Windows 8 Index

Di Windows 8 jika kita ingin mesin selalu melakukan index meskipun dalam keadaan sibuk :

  • Cari dan jalankan “gpedit.msc”
  • Browse “Administrative Templates\Windows Components\Search”
  • Cari “disable backoff”, kemudian klik “Enabled”

image

image